No hay datos fiables al cien por cien que expliquen el árbol genealógico del cerdo ibérico, por lo tanto, no se sabe con certeza cómo se originó esta especie. Sin embargo, diferentes especialistas apuntan a que cuenta en su ADN con material genético de tres subespecies: el jabalí europeo, el jabalí mediterráneo y el jabalí asiático.
En 2021, se descubrió en Huelva de huellas fosilizadas ha permitido clasificarlas a nivel mundial como un nuevo icnogénero. Sus características singulares, nunca descritas en el registro fósil, indican que podría tratarse de una evidencia del origen del cerdo ibérico según los geólogos. La forma trapezoidal del contorno de las huellas evidencian el parentesco con la raza ibérica, aunque el ancestro posiblemente sería de mayores dimensiones, llegando a pesar más del triple que el jabalí común de la actualidad. Una de las hipótesis para explicar el aparente gigantesco tamaño del jabalí originario, es que el periodo correspondiente a la edad de las huellas investigadas se caracterizaba por una gran diversidad e intensidad de depredadores. Independientemente del tamaño, que por el cambio de las condiciones ambientales se redujo, el parentesco con el actual cerdo ibérico es evidente, según el estudio.
Los ejemplares del suroeste peninsular comparten un mismo origen. En el este de Asia existen desde hace 4,2 millones de años, desde donde experimentó una amplia expansión por el continente asiático, Medio Oriente y norte de África. Llegó a Europa hace unos 1,1 millones de años. La única especie actualmente existente, Sus scrofa o jabalí euroasiático, en su multitud de subespecies, prosperó gracias a una excelente adaptación a los cambios ambientales registrados en las distintas geografías e incluye la variedad domesticada por el hombre.
A partir de las agrupaciones y los apareamientos que fueron sucediéndose, bien por necesidades del hombre o bien por la propia naturaleza del cerdo, las razas ibéricas propiamente dichas se extendieron por el litoral mediterráneo, las costas africanas, asentándose en el sur peninsular, en especial en el suroeste, y ocupando aquellas zonas en las que predominan las dehesas con sus milenarias encinas, alcornocales, castaños y algarrobos, que tan caras y apreciadas son en la actualidad para el cerdo ibérico, sus criadores, sus cuidadores, industriales y, cómo no, el consumidor de sus productos elaborados.